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Posts Tagged ‘단백질 접힘’

Life with PlayStation - 새로운 라이프 스타일 서비스

Thursday, September 18th, 2008

지금 PlayStation3로 Folding@Home을 가동시키고 있다면 잠시 종료하고 재시작해보자. 업데이트 데이터가 있다는 메시지가 뜨면서 뭔가를 내려받기 시작할 것이다. 기동 후 새롭게 나타나는 화면은 우주에서 본 우리의 퍼렁별 지구! 이번에는 좀 더 컬러풀하다. 어? 그런데 지도 상에 날씨가 뜨네?

「Life with PlayStation」은 기존의 폴딩앳홈 프로젝트 위에 라이프 스타일 채널을 추가한 신규 서비스다. 그에 따른 첫번째 시도가 바로 날씨와 뉴스 채널이다. 지구를 이리저리 돌려보며 세계 주요 도시의 날씨와 지역 소식(영문)을 볼 수 있다. 지구를 너무 크게 당기면 마치 화면에 부딪치는 것처럼 쿵하고 진동이 오는 것도 이색적이다. 지금 서울의 날씨는 약간 흐리고 32℃의 기온을 보이고 있다. 새로운 소식은 ‘한국 경찰이 성매매 현장을 단속, 100톤에 달하는 침대와 욕조 등을 압수 처분했다고…’ 에고~ 이거 국제적 망신인데…

도시별로 실시간 현장 사진을 볼 수도 있는데 아직 전지역에 걸쳐 지원되는 것은 아니다. 서울은 아직 빈 이미지로 나타난다. 그리고 배경 음악 재생 기능은 여전히 건재하다. 본체에 담아둔 음악 파일을 분위기에 맞게 혹은 직접 선택해서 재생할 수 있다. 지금 나는 The Doors의 Riders on The Storm을 듣고 있다. :)

이른바 스크린 세이버이자 미디어 플레이어, 그리고 정보 채널 역할을 톡톡히 하는 서비스다.

 

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Folding@home - 새로운 팀원 그리고 연구 실적

Thursday, September 18th, 2008

 

PaperBoots.net은 인류 건강에 이바지하고 있다!

다소 과장된 타이틀이니 살짝 미소를 머금어보자. 하지만 페이퍼부츠넷이 폴딩앳홈을 통해 간접적으로나마 사회 공헌에 힘쓰고 있는 것은 분명한 사실이다. 열정을 갖고 팀원이 되어준 분들을 위해서라면, 마땅히 이보다 더한 찬사도 아깝지 않을 것이다. 이 글을 빌어 나와 뜻을 함께 해주신 Oldboy님, Dalvit님, [KOR]Ryu-Jae-Chan님, 그리고 잠재적으로는 PS3님께 다시 한번 감사의 마음을 전하고 싶다.

최근에 새로 합류하신 [KOR]Ryu-Jae-Chan님은 HD4850이라는 고성능 GPU를 아낌없이 클라이언트로 내놓으셨다. 덕분에 단시간에 3836점이라는 놀라운 점수가 보태질 수 있었다. 이로써 우리 팀의 순위는 16144위로 또 하나의 천단위를 올라서게 되었다. 매번 강조하지만 이것은 순위 놀음이 아니다. 단지 이 프로젝트에 참여하고 있는 100만명의 숭고한 의지를 격려하기 위한 수단일 뿐이다. 공동의 목표는 인류의 건강한 미래를 앞당기는 것이므로 그를 위해 사기를 고취시키는 것으로 보면 되겠다.

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스탠포드 대학의 Folding@home은 단백질 접힘 및 뭉침을 분산 컴퓨팅을 이용해 시뮬레이션함으로써 그와 관련된 각종 난치병의 근원을 밝히는 것이 목적인 프로젝트다. 그동안 그들의 연구 실적에 대해서는 굳이 다루지 않았는데, 우리의 노력이 어떤 것이었는지 한번쯤 알아둘 필요가 있을 것 같아 최신 연구 결과 중 하나를 골라 번역해 옮겨본다.

RNA 헤어핀 폴딩 매개체의 구조적 발견

Gregory R. Bowman, Xuhui Huang, Yuan Yao, Jian Sun, Gunnar Carlsson, Leonidas J. Guibas, and Vijay S. Pande

J. Am. Chem. Soc., 130 (30), 9676–9678, 2008

헤어핀은 RNA(리보 핵산) 분자 내부의 어디에나 존재하는 2차적 기반 구조다. 단순한 구조임에도 불구하고, 그것들이 2단계로 접히는 것인지 혹은 더 많은 단계를 거쳐 접히는 것인지에 대해서는 논란의 여지가 있었다. 우리 연구팀은 분산 컴퓨팅 환경에서 복제 교환 분자역학에 관한 일련의 가설을 이용해서 작은 테트라루프 헤어핀의 접힘을 연구해왔다. 이러한 시뮬레이션의 기반 위에서 우리는 동일한 실험 결과를 보이는 다수의 매개체를 확인할 수 있었다. 또한 접힘(폴딩)이라는 것이 단순히 고온 펼침(언폴딩)의 반전 현상이 아니라는 것도 알아냈다. 이것은 아마도 생체 분자가 접히는 일반적인 특징이라고 생각된다.

*링크: Folding@home이란? 참여하기

Folding@home - 맥용 클라이언트 가동법

Monday, August 11th, 2008

Folding@home의 다운로드 페이지에서 맥용 클라이언트를 받는다. 보통은 두 항목 중에 위에 있는 것을 받으면 된다.

아래 것은 유닉스 터미널에서 실행해야 한다.

Folding@home에 대한 기본적인 소개는 이 글 하단에 있는 링크 참조.

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